Как бы это тупо не звучало, но сохранять придётся всё, что вы хотите сохранить.
Нет необходимости в разных файлах это хранить. Если множество миров, то всё запихните в массив миров, каждый объект мира пусть хранит все чанки. Потом сериализуйте это в JSON или куда-то ещё. Такие сохранения игровые обычно сериализуют в бинарники. Тут JSON не нужен, по идее