Добрый день.
Как на счет варианта вообще не удалять врагов из списка, а просто проставлять им специальный флаг (например, bool isDead = true)? Следовательно, в цикле вызывать метод upadate только для тех элементов списка, которые имеют статус isDead == false. В цикле отрисовки – аналогично.
Ну а при рестарте миссии просто проставлять всем врагам isDead = false, и все недруги снова оживут.